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Il convento di Santo Spirito venne costruito nella prima metà del Trecento, insieme ad una chiesa gotica e ad un piccolo ospedale e affidato all'Ordine benedettino dei Celestini, sostituito nel 1475 dai Canonici Regolari Lateranensi dell'Ordine di Sant'Agostino.
Agli inizi del Cinquecento iniziò una ristrutturazione della chiesa, finanziata in gran parte dalle famiglie del borgo desiderose di affermare il loro status sociale, che proseguì nei secoli successivi. Negli anni dal 1530 al 1535 venne costruita la larga navata della chiesa, con cinque cappelle per lato.
La ristrutturazione assomma il contributo dei due maggiori architetti bergamaschi che operarono in città: Pietro Isabello nel Cinquecento e G.B. Caniana nel Settecento.
Poiché non si conosce il disegno dell'Isabello, non è possibile sapere come fosse la copertura della navata prima dell'intervento attuato negli anni 1730-1740 dal Caniana. Egli si trovò ad affrontare due problemi: adeguarsi all'architettura dell'Isabello e seguire i propri modi costruttivi. Risolse questi problemi dando allo spazio Cinquecentesco una dilatazione verticale inserendo una fluidità barocca.
Sulla facciata, mai completata, è possibile vedere le varie fasi della costruzione.
Oggi la chiesa è sussidiaria della parrocchia di Sant'Alessandro della Croce.

All'interno delle prime due cappelle sulla destra si trovano: "La deposizione di Nostro Signore" di Giulio Carpioni e "Il miracolo di SantAntonio di Padova" di Domenico Viani.
La terza cappella sulla destra, citata in un atto notarile del 1512, è la più antica e servì da modello per la costruzione delle successive. Edificata su disegno di Pietro Isabello, fu commissionata dai fratelli Giovanni e Bartolomeo Cassotti, facoltosi mercanti del borgo. Originariamente dietro l'altare vi era una pala del Previtali che oggi si trova nella prima cappella a sinistra.
Nella quarta cappella a destra si trova la splendida pala d'altare di Lorenzo Lotto "Madonna con il Bambino, Santa Caterina dAlessandria, SantAgostino, San Sebastiano e SantAntonio abate.
Ai lati due opere di Gian Paolo Cavagna della fine del Cinquecento: "Daniele nella fossa dei leoni" e "San Francesco stigmatizzato".
Nel presbiterio la base dellaltare è costituita da un gruppo scultoreo che originariamente faceva parte del monumento funebre di Agostino e Caterina Tasso.
Il coro ligneo cinquecentesco, che si trova dietro laltare, presenta un adattamento attuato nellOttocento. Commissionato nel 1501 da Giacomo Tasso, fratello di Agostino, era costituito in origine da 50 stalli, dei quali ne rimangono solo 17.
Le cappelle a sinistra, costruite tutte successivamente al periodo di soggiorno bergamasco di Lorenzo Lotto, ospitano opere dei primi decenni del Cinquecento.
Sulla colonna esterna della quinta cappella di sinistra si trovano gli stemmi di Domenico Tasso e di sua moglie Elisabetta Rota che commissionarono la cappella (completata nel 1550). Allinterno sulla sinistra vi è il monumento funebre di Agostino e Caterina Tasso mentre dietro laltare si trova il dipinto "Madonna con il Bambino, i Santi Pietro e Paolo e un angelo", commissionato da Elisabetta Rota a Scipione Piazza.
Nella quarta cappella sulla sinistra vi sono laltare del Redentore e ai lati dipinti raffiguranti scene della Passione di Cristo, attribuiti a P. Rotari.
Sopra laltare della terza cappella di sinistra è posto un dipinto, opera di un anonimo pittore quattrocentesco, raffigurante la Madonna che guarda con tenerezza il Bambino fra le sue braccia, venerata ancora oggi come Madonna del Buon Consiglio.
Nella seconda cappella a sinistra vi è il polittico "La discesa dello Spirito Santo sulla Madonna e sugli Apostoli" di Ambrogio Bergognone, formato da otto tavole e commissionato da Domenico Tasso.
Nella prima cappella di sinistra vi è il dipinto "San Giovanni Battista e altri Santi" di Andrea Previtali, commissionato dai fratelli Cassotti.

Orario: feriale 7.00-11.30 / 16.00-18.30; festivo 8.00-12.00 / 16.00-19.00 (l'orario può essere soggetto a variazioni)
Apertura luglio e agosto feriale: 7.00-11.00 / 17.00-18.30; festivo 8.30-12.00 / 17.00-19.00
Orari funzioni religiose: 7.30; 9.00; 18.00; prefestive: 18.00; festive 9.00,10.00,11.00,18.00
Indirizzo: via Tasso