Da alcuni mesi, in molte zone della provincia, imperversa una epidemia di peste che flagella duramente la popolazione, ma che per il momento non è ancora penetrata in Città. I segnali che l’epidemia si stia avvicinando e che poi possa penetrare nella Città però preoccupano parecchio i Magistrati della Sanità, i responsabili della pubblica salute, che hanno aumentato il livello dei controlli. Da oggi, infatti, non potranno più entrare in città le persone, le merci e gli animali che provengono da aree infette e che potrebbero, a loro volta, essere infetti. Per quanto rigide, le precauzioni potrebbero, però, dimostrarsi tardive perché il morbo si è già molto esteso e risulta presente nella parte “bassa” della provincia, in particolare nell’area che da Treviglio arriva sino a Caravaggio, ed alcuni casi, anche se limitati, sono stati denunciati anche in prossimità della città: i controlli, dunque, saranno, rigorosi. Le porte delle Mura (vecchie) che circondano tutti i Borghi (le Muraine) verranno dotate di appositi rastrelli per filtrare le persone che entreranno in Città. I normali controlli daziari saranno rafforzati con la presenza di numerose guardie in modo da impedire l’accesso a chiunque non abbia con sé la “Fede di Sanità”, cioè il documento che certifica che la persona che ne è in possesso provenga da una zona non contagiata: la paura è così forte che le guardie che non impediranno l’ingresso a coloro che ne siano sprovvisti, saranno punibili, anche con la pena di morte. Nonostante queste rigorose precauzioni e l’applicazione degli interventi sanitari, nei mesi successivi, il morbo penetrerà e devasterà la città: secondo calcoli, ovviamente incerti, ma non irrealistici, alla fine, la pestilenza avrà provocato da 10.000 a 15/17.000 morti, su meno di 40.000 abitanti. Il numero dei morti è stato enorme, ma a questi drammi umani vanno aggiunti quelli economici e sociali, che sono stati altrettanto drammatici e che sconvolgeranno a fondo e per decenni la vita della Città.
Questa terribile pandemia è presente ancora oggi nella memoria cittadina: lapidi, piccoli oratori con teschi, altari e quadri sono diffusi ovunque in Città e nelle chiese con lo scopo ricordarci “la nostra fragilità”.